蒙古人尚右，故以右丞相、右丞居上。
自中书令至参知政事皆称“宰执”
。
六部则各设尚书三员，侍郎二员。
管军的机构枢密院是在平定李璮之乱后设置的。
鉴于“诸侯尽专兵民之权的弊害，忽必烈采取断然措施，罢世侯，置牧守，军民分职”
，中统三年（1262），诏：“诸路官民管理民事。
管军官掌兵戎，各有所司，不相统摄。”
8四年（1263）五月，“初立枢密院，以皇子燕王为中书令，兼判枢密院事。”
掌天下兵甲机密之务。
除四怯薛由皇帝或其亲信节制外，“凡宫禁宿卫，边庭军翼，征讨戍守，简阅差遣，举功转官，节制调度，无不由之”
9。
初置枢密使一员（由太子兼任），副使二员，佥书枢密院事一员。
至元七年（1270），在副使之上置同知枢密院事一员，佥书之下置院判一员。
二十八年（1291），又置知院一员，增院判一员，并以中书平章商量院事。
四怯薛各出代表一员，参与院议。
至元五年（1268），立御史台，“掌纠察百官善恶、政治得失。
设御史大夫、中丞、侍御史、治书侍御史各二员。
御史台直属机构有殿前司、察院，还有内八道肃政廉访司。
“凡大朝会，百官班序”
由殿前司掌握，“其失仪失列，则纠罚之”
；“在京百官到任假告事故，出三日不报者，则纠举之；大臣入内奏事，则随以入，凡不可与闻之人，则纠避之”
10。
肃政廉访司初名提刑按察司，承自金朝的按察司，作为地方监察机构，元初被纳入御史台系统。
其巡察地区分为跨地区甚至跨行省的诸道，分别隶属于中央御史台或行御史台。
行台是中央御史台的派出机构，元代曾在陕西、云南、江浙等地设置。
元廷对宗室诸王赏赐无度，对外征伐频数，国家用度浩繁，而以理财助国为施政中心，至元七年至九年、二十四年至二十八年、至大二年至三年（1270～1273、1287～1291、1309～1310）三次设立尚书省综理财用，六部、行省皆隶尚书。
在尚书省存在期间，中书形同虚设。
此外，也有大司农司、翰林国史院、集贤院、宣徽院等承自前代的机梅。
在中书省、枢密院、御史台分管政务、军旅和监察之外，在元朝中央，还有与之平行的掌管蒙古、回回和藏地事务的机构。
其中包括蒙古翰林院及其所属蒙古国子监；掌管回回历法的回回司天监；掌管也里可温（基督教和基督教徒）的崇福寺；掌管藏地事务的宣政院等。
国初的札鲁忽赤，随着国家统治机构的完备，则转变为专掌皇族政刑的官员，而以大宗正府为其办事机构。
与历代大宗正府不同的是“主要治理诸王、驸马投下的蒙古、色目人刑名词讼等事，时而兼治汉人刑名”
10。
大汗后妃所居的斡耳朵官属，则相当于辽朝的宫官。
怯薛又是与五卫亲军制并行的大汗禁卫军和直属部队。
地方行政机构是行中书省，简称行省。
元人认为：“国制，中书总庶政，是为都省。
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