在审查过程中，他坚持实事求是的原则，通过认真调查了解，确认对扬帆的审查是错误的。
后来扬帆被平反。
这个时期，潘汉年还为根据地干部作过一些报告。
他还在新四军出版的《拂晓报》上发表了《梦游玄武湖》、《探海东同志病》等诗词，表达忧国愤敌的心声、抒发对战友的感情。
1943年，潘汉年领导建立起两条通向解放区的交通线：一条通淮南华中局，一条通皖北新四军七师。
这两条交通线的建立，保证了上海和抗日根据地之间人员和物资的安全输送。
同年夏秋之交，党中央电告潘汉年，需要保存在上海中央文库的六届三中、四中全会文件。
潘汉年指示张唯一取出密藏在上海中央文库中的有关文件，拍成35毫米胶片，送往华中根据地报党中央。
1944年6月，潘汉年离开淮南新四军军部去延安参加党的&ldo;七大&rdo;。
大会期间，潘汉年看望了毛泽东，毛泽东和他共同举杯，庆贺胜利。
毛泽东在&ldo;七大&rdo;所作的政治报告《论联合政府》中提出：&ldo;我们的大会应向各解放区人民提议，尽可能迅速地在延安召开中国解放区人民代表会议，以便讨论统一各解放区的行动，加强各解放区的抗日工作，援助国民党统治区人民的抗日民主运动，援助沦陷区人民的地下军运动，促进全国人民的团结和联合政府的成立。
&rdo;根据这一要求，党中央开始积极筹备召开解放区人民代表会议。
1945年7月8日。
新四军军长陈毅致电陕甘宁边区政府和参议会，表示选派潘汉年等六位同志，代表新四军参加会议的筹备工作。
7月13日，中国解放区人民代表举行集会，会上宣告正式成立中国解放区人民代表会议筹备委员会。
会议选举周恩来、林伯渠等25人当选为筹委会常务委员会委员，潘汉年也是常委之一。
8月10日，纲领起草委员会举行会议，组成政治、军事、财政经济、文化教育和组织法五个专题起草小组，潘汉年出席会议，并参加政治专题小组工作，还担任组织法专题小组组长。
中国解放区人民代表会议原定10月举行，日本投降后，因时局变化，会议没有召开。
1945年11月，潘汉年奉命从延安到沈阳，在中共中央东北局领导下，参与领导该地区的文化工作、统战工作和党的隐蔽战线工作。
1946年2月，董慧也到达沈阳。
是年4月底，因东北地区党的情报系统被国民党特务机关破坏，潘汉年又被调到北平。
同年夏天，他回延安汇报工作，不久，奉命到南京，接受新的任务。
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