抗战时期，党的总方针是坚持抗战反对投降、坚持团结反对分裂、坚持进步反对倒退。
潘部工作主要是以了解日本动向、国际关系变化来为这个方针服务。
工作需要重新布置。
1940年建立了与延安通报的电台，到1942年夏因日本宪兵搜查，被迫停止工作。
1943年建立与华中局（1945年4月改华中分局）联络的交通线，直到1946年全面内战才停止。
抗战时期，潘曾用不同身份、不同方式接近高层次的对象，如陈公博、周佛海、罗君强、李士群，伪警察局、伪保安司令部、伪宣传部、日使领馆、日方特务机关海机关、满铁、日方民间团体、重庆对日谋略活动的人物等。
潘还化名伪装主和派出入虎穴，同日本从事谋略活动的人物直接接触。
如他利用特殊关系，化名&ldo;肖叔安&rdo;，租用了上海百乐门饭店的上等房间作为掩护活动的地点。
当时，日伪警宪特务经常出入这家饭店，而他深知敌人有&ldo;灯下黑&rdo;的弱点，所以来个身入虎穴，坚持斗争。
正如他常说的，只要掌握敌人的规律，巧于应付，有时依傍虎穴反而比较安全。
这个时期，潘上报的重要情报有：（1）1939年英法企图牺牲中国对日妥协的远东慕尼黑活动。
（2）1941年6月13日潘从香港签发的德苏战争一触即发电。
南方局早几天亦有类似报告。
为此，苏共中央曾向中共中央表示感谢。
（3）德苏战争爆发后，日本动向是南进而非北进，以及日美谈判等情报。
这是个涉及苏联远东红军能否西调的事情，对国内阶级动向也很有关系。
（4）李士群提供了日军要&ldo;扫荡&rdo;苏北盐阜区即新四军军部所在地区的信息。
（5）周佛海设电台与重庆通报。
（6）重庆对日谋略活动者与日海军和近卫的接触等。
（7）某战区关于敌情和&ldo;匪情&rdo;的通报，等。
毛主席在1945年中共&ldo;七大&rdo;讲到敌区大城市工作时，表扬了刘少奇，同时也赞扬了刘晓和潘汉年。
1955年潘被逮捕审查，李克农同志根据周总理要求，组织了专人查阅了有关文电档案，于1955年4月29日向中央报告了对这个时期潘情报的评价：&ldo;太平洋战争前，潘汉年向中央报告的关于日本特务、伪军、及日美谈判和德苏战争等情报是有价值的。
&rdo;1982年中央关于潘汉年的平反通知中说他&ldo;为党获取了不少重要战略情报，多次得到中央的表扬&rdo;。
这个时期，还有三件事值得一提：（1）1942年夏，潘部在上海的电台处被搜查，因收藏良好，敌人未查到机器。
当时有人主张撤退干部。
潘认为敌人既未找到证据，一撤反而暴露，势必牵连住房的保人等。
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