同时，有一大批人因为过去与潘汉年有过工作关系，而受到株连，同样遭受了厄运。
1963年6月，最高人民法院作出终审判决，以&ldo;内奸&rdo;罪，判处潘汉年有期徒刑15年，剥夺政治权利终身。
但不久即被假释，与董慧一起被安置在北京团河农场。
1967年5月22日，在江青、康生一伙的操纵下，潘汉年和董慧被重新收监，关押在北京秦城监狱，又经受了长达5年的&ldo;审查&rdo;。
到1972年，以原来的罪名，报经当时党中央批准，潘汉年被永远开除出党，改判无期徒刑（未办改判的法律手续）。
潘汉年虽身陷逆境，但作为一个老共产党员，在为其他同志写证明材料时，他总是坚持实事求是的原则。
如1970年，他为战友刘鼎写了翔实的证明材料，使刘鼎的历史问题得以澄清，免受冤屈。
1975年5月，潘汉年和董慧被安置到湖南省公安厅洣江茶场。
这时潘汉年已年近七旬，身心交瘁，步履艰难。
1977年2月24日，潘汉年病情加重，卧床不起。
3月24日，董慧用&ldo;萧淑安&rdo;的化名把潘汉年送到湖南长沙省医学院第二附属医院治疗。
4月14日晚上19时54分，潘汉年因病去世，终年71岁。
4月17日，潘汉年的遗体在长沙火化，骨灰埋葬在长沙市南郊金盆岭墓地西侧半山腰。
对潘汉年的问题，在&ldo;文革&rdo;之前，就有人向党中央写信表示怀疑。
但是，由于过去党内存在&ldo;左&rdo;的思想影响，党内政治生活不正常，他的问题未能得到实事求是的解决。
粉碎&ldo;四人帮&rdo;以后，特别是党的十一届三中全会以后，恢复了党的实事求是的思想路线，许多当年同潘汉年一起出生入死的老同志纷纷向党中央反映情况，要求复查潘汉年案件。
1978年，董慧也曾向有关部门写信，提出申诉。
1980年11月3日，在讨论《建国以来党的若干历史问题决议》时，廖承志在发言中提出：我和刘晓同志商量过，认为潘汉年问题可以说是个冤案。
因此，我正式严肃地建议，中央对潘汉年一案要重新审查。
与此同时，潘汉年的亲属也多次上书中共中央纪律检查委员会，希望能对潘汉年一案作重新调查、处理。
廖承志和其他一些同志的意见以及潘汉年亲属的要求，引起了中央领导同志的重视。
中央纪委第一书记陈云亲自过问了此事。
陈云和潘汉年在十年内战时期，有过两度共事的经历，他对潘汉年有着很好的印象，认为他是白区工作的好代表。
解放以后潘汉年在上海的工作情况，特别是潘汉年在担任上海财经委员会主任期间，在处理上海工商界和&ldo;三反&rdo;、&ldo;五反&rdo;工作中的谨慎和稳妥的表现，曾受到在中央主管财经工作的陈云的高度重视。
他感到有责任把这一案件弄个水落石出。
为此，他亲自调阅了潘汉年案件的有关材料。
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