1941年1月，&ldo;皖南事变&rdo;爆发，李一氓在战斗突围后辗转到达香港，向廖承志和潘汉年讲了事变的经过，潘则把事变情况报告了中共中央。
在香港，潘汉年陪李一氓到澳门去看望了叶挺夫人。
随后，又亲自护送李一氓到上海，并通过党组织设法安排他去苏北根据地。
在上海，他还和刘晓约见于伶，商议应付事变的对策和措施。
1941年7月3日，中共南方局书记周恩来根据国际国内形势的变化，致电毛泽东，希望中央派人加强香港的领导力量，以开展与英美人士、华侨、各党派、文化界的统战工作。
9月8日，毛泽东复电周恩来，表示同意加强香港工作，但中央一时派不出人来，仍由廖承志、潘汉年继续负责。
1941年12月，日军进攻香港，形势十分严峻。
12月8日，中共中央致电周恩来、廖承志、潘汉年和刘少文，指示开展与英美等国人士建立广泛真诚的反法西斯统一战线的工作，做好在香港的文化界人士和党的工作者的撤退工作。
同日，周恩来两次急电廖承志、潘汉年和刘少文，具体布置在香港的各方面人士撤退、疏散工作。
根据党中央和中共南方局的指示，经过各方面紧密配合和几个月的努力工作，至1942年5月，从日军的严密封锁中撤退疏散了各方面人士800余名，其中包括宋庆龄、何香凝、柳亚子、陈济棠、茅盾、金仲华、夏衍、胡绳、张友渔、刘清扬、宋之的、杨刚、梁漱溟、邓文钊、胡风、蔡楚生等爱国民主人士、文化界知名人士和党的干部。
其中大多数顺利安全地撤往东江，再转往韶关、桂林和重庆等地。
此外，还安全护送了一大批国际友人到内地和海外;接应了2000余名回国参加抗日的爱国青年。
太平洋战争爆发前后，中共中央和中央有关主管部门曾一再指示党在敌占区的对敌隐蔽斗争系统，派人打入敌伪组织，相机开展工作。
潘汉年执行上述指示，利用各种社会关系开展这方面的工作，并且取得了成效。
他还利用各种社会关系，掩护一批同志潜伏在敌人内部工作，并掩护了一些同他有联系的领导同志。
太平洋战争爆发后，中共派在香港几位从事对敌隐蔽斗争的同志和秘密电台处境危险，潘汉年主动报请中央同意，利用他的特殊社会关系，从上海派人去香港，掩护他们全部安全撤到上海和内地。
太平洋战争爆发后，日军占领了上海的公共租界，上海从孤岛变成了沦陷区。
党中央指示江苏省委领导机关撤退到华中抗日根据地去。
这时，潘汉年也奉命撤退。
1942年11月初，江苏省委领导同志刘晓、王尧山等，都在潘汉年所发展的特殊关系掩护下，同潘一起，从上海到淮南顾家圩子。
到达华中抗日根据地后，潘汉年担任了华中局情报部部长。
在华中抗日根据地参加整风学习期间，潘汉年参加了审查扬帆的工作。
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